Die Zoo-Akademie hat zahlreiche Kooperationspartner und ist in wichtigen Netzwerken vertreten.

Als Kooperationspartner sind zu nennen:

• BUND Heidelberg (Projekt "Heidelberg lernt nachhaltig")
• Hector-Kinderakademie Heidelberg (regelmäßige Kurse)
• Natürlich Heidelberg (Unterrichtsprogramm Wald)
• Pädagogische Hochschule Heidelberg (Institut für Sonderpädagogik (Projekt "Zoo-Hoch-Schule"), Institut für Naturwissenschaften/Biologie, Übergreifender Studienbereich)
• Stadt Heidelberg (Kinder- und Jugendamt, Umweltamt, Sozialamt)
• Stadtjugendring Heidelberg (Projekt "Jugend stärkt Zoo"; ABC - Schulanfängerwochen 2016)
• Universität Heidelberg
• Volkshochschule Heidelberg (wechselndes Kursangebot)
• WAPCA e.V. (Projekt "Grenzenlos aktiv für den Artenschutz")

In folgenden Netzwerken ist die Zoo-Akademie vertreten:

• Bündnis für Familie Heidelberg, Teilgruppe Kinderbetreuung (Projekt "FerienTicket. Ferienbetreuung ist Chefsache")
• natec Landesverband für naturwissenschaftlich-technische Jugendbildung Baden-Württemberg e. V.
• Netzwerk „Bildung für nachhaltige Entwicklung“ (Agenda-Büro, Stadt Heidelberg)
• Netzwerk Ferienanbieter (Kinder- und Jugendamt Stadt Heidelberg)
• Verband deutschsprachiger Zoopädagogen